故事背景以東京涉谷虛構了的一個人間界與怪物界的交界處，這個交界的入口像迷宮般，隱藏於涉谷狹窄巷弄裡，穿過「涉天街」就是進入怪物居住的平行世界。
某天，少年九太誤闖入那個怪物界，遇到了一個很強大的怪物熊徹，九太被魯莽、暴躁又懶散的熊徹收留，並成為他的弟子。
但是，涉天街的怪物們都認為人類內心太脆弱容易被黑暗面吞噬（加入了星際大戰的概念），因此熊徹要收九太為弟子時，遭到大家反對，熊徹與九太，怪物與人類，卻意外的成為彼此重要的依靠。
兩人展開想像力大爆發的冒險故事。
然而，豬王山也收養了人類小孩一郎彥，一郎彥卻被黑暗面吞噬，因為他一直以為自己跟大家一樣是怪物，不想承認自己是人類，結果他亟欲隱藏的身份卻被九太發現，死屁孩羞愧轉生氣，將所有不滿與憤怒都投射在九太與熊徹身上，希望弄死他們，讓養父豬王山成為怪物界的宗師。
一郎彥被黑暗面完全吞噬後，他暗算熊徹，並攻擊九太的故鄉人類界。
這段動畫作的太棒了～是說，一郎彥以黑暗面力量化作的鯨魚，就是19世紀小說《白鯨記》，這是名叫Ahab的船長因為被白色鯨魚咬斷一條腿，因此Ahab航向天涯海角追殺白鯨復仇，Ahab跟白鯨的對決，其實就是自己和自己的心魔對抗。
《白鯨記》的Ahab最後跟白鯨葬身大海，但是熊徹為了救九太，轉生為「九十九神」。
九太擊敗一郎彥，熊徹已經成為神，雖然不在他的身邊，但卻永遠在他的心中，哇塞！怎麼那麼灑狗血，我又要哭了～
《怪物的孩子》就是這樣講人類與怪物之間的故事，有親情、有愛、有感動。
主角變成熊本熊？ＸＤＤＤＤＤＤ
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